序自序上集伤寒正名论王叔和辟泥四时论病之谬辟泥日数分经之谬论陶节庵论吴又可诸家编次司天运气分别阴阳十二经离合察脉大法寸口脉论趺阳少阴脉论脉分阴阳死生论仲景六经辨证与内经热病论互异辨中风一辨中风二辨中风
重雕元刻伤寒百证歌发微论叙卷上论伤寒七十二证候论桂枝汤用赤白芍药不同论伤寒慎用圆子药论桂枝麻黄青龙用药三证论两感伤寒论伤寒以真气为主论治伤寒须根据次第论仲景缓迟沉三脉卷下论表里虚实论桂枝肉桂论滑脉论用
马王堆帛书五十二病方
内外伤寒辩惑论
旅舍备要方
周序原序卷首女科总论胎产脉候调经章不及期而经先行经过期而后行一月而经再行经行或先或后经将行腹痛经水多少经水紫淡色经闭不行石瘕肠覃崩漏章崩漏经血妄行赤白带下白浊白淫白带辨症种子章保胎辑要总论受胎保护难产
序祭神应王文岐伯阴阳脉例洁古老人内伤三阴例海藏老人内伤三阴例伤在少阴伤在太阳阴阳寒热各从类生服药同象伊芳尹汤液论例扁鹊仲景例仲景阴证论例易老法霍乱吐泻足阳明总摄六经霍乱与少阴寒热同候叔和阴脉例活人阴脉
养生随笔
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
自序卷之一治法通论养血抑气抑气养血理气活血消积理气行血理气和血养血润燥温经之剂气血攻补备焉温经涩脱温经养血温经理气和血和血温经温经理气涩脱燥湿治错杂之邪攻积卷之一调经门经候总论辨色审多少先期后期调经平